本发明公开了针对猪圆环病毒2型Cap蛋白的高亲和性多肽序列及其应用，所述的多肽序列为KWWQSWEW。本发明基于猪圆环病毒2型Cap蛋白的晶体结构(PDB ID:3R0R)，通过分子对接虚拟筛选技术，获得一条可与猪圆环病毒2型Cap蛋白特异性结合的多肽序列，其多肽序列为KWWQSWEW，即L6‑13。固相合成L6‑13，并与猪圆环病毒2型Cap蛋白进行亲和力鉴定，L6‑13序列与人工表达的PCV2 Cap蛋白之间相互作用的平衡解离常数KD为1.28×10‑7M，即128nM，说明亲和力较好。本发明设计而成的L6‑13序列与人工表达PCV2 Cap蛋白、人工接种PCV2均可以结合，与其它病毒蛋白均不发生交叉性反应，特异性较好。