本发明涉及基于GC-MS获取转基因和非转基因玉米代谢差异的方法；所述方法基于气相色谱-高分辨率质谱联用系统进行玉米叶片代谢轮廓分析，然后用多变量统计方法区分转基因和非转基因玉米数据，并对转基因和非转基因玉米叶片代谢差异进行研究的方法，获取对代谢表型差异有重要贡献的化合物。所述方法更适合快速色谱分析，可以快速可靠地识别、定量和确认更多化合物；更重要的是，其检测分辨率高，保证谱峰扫描点的完整性，不遗漏任何细节，实现高效可靠的代谢物信息识别，得到的结果更真实可靠。所述方法可以为深入研究转基因玉米的安全性提供根据。