本发明公开了一种抑藻脱氮微生物联合式生物滤池及其废水处理方法。现有曝气生物滤池难以处理含藻废水。本发明一种抑藻剂脱氮微生物联合式曝气生物滤池装置，包括废水处理滤塔。废水处理滤塔包括塔体以及设置在塔体内的承托层、复合滤料层和生物处理区。塔体的底部开设有废水进口，顶部开设有废水出口。塔体内腔的底部固定有曝气管。复合滤料层设置在承托层的上方。复合滤料层包括从下至上依次排列的抑藻层、除磷吸附剂层、砂石层、砾石层。生物处理区设置在复合滤料层的上方。生物处理区设置有多个生物处理袋。本发明通过设置的抑藻层，抑制被处理废水中藻类的生长，进而避免了被处理废水中的藻类对脱氮微生物产生影响。