本发明公开了一种肌内脂肪沉积FASN基因及其应用，从杜洛克×梅山杂交猪的背最长肌组织分离、克隆了与肌内脂肪相关的脂肪酸合成酶(fatty acid synthase，FASN)基因，其长度为8127bp，包括7539bp CDS、97bp 5’UTR及491bp 3’UTR，其核苷酸序列如SEQ.ID.NO.1；CDS核苷酸序列如SEQ.ID.NO.2；编码的氨基酸序列为SEQ.ID.NO.3。检测结果显示FASN基因在脂肪组织中极其高表达。FASN基因与肌内脂肪含量的相关性检测结果表明FASN基因表达水平在高肌内脂肪个体中显著高于其在低肌内脂肪个体。本发明可以为今后猪肌内脂肪含量性状的选育提供了分子基础。