本发明的实施例公开一种筛选流域水环境风险物质的方法及装置。包括：获取目标流域水环境中的各污染物的暴露浓度，与环境安全阈值进行比较；获取大于环境安全阈值的目标污染物的暴露浓度，基于该目标污染物的暴露浓度构建累积概率分布曲线，基于累积概率分布曲线计算该目标污染物暴露浓度超过环境安全阈值的概率；若概率大于概率阈值，基于预先获取的目标污染物的水生生物毒性数据和目标污染物的暴露浓度，依据预设的软件量化目标污染物的环境风险，基于量化的环境风险得到目标污染物的预期环境风险；若预期环境风险大于预设的第一预期环境风险阈值，确认目标污染物为潜在的环境风险物质。应用本发明，可以提升环境风险污染物的筛选效率。