本发明实施例提供了一种定时同步恢复方法及系统，方法包括：基于第一反馈参数，对接收到的并行信号进行采样点删补，输出调整后的时域并行信号及相应使能信号；基于第二反馈参数及所述使能信号，对所述时域并行信号经时频转换后的第一频域信号进行频域匹配滤波和定时相位恢复，得到第二频域信号；基于预设的Gardner算法，计算所述第二频域信号经频时转换后的时域信号的定时误差；基于所述时域信号的定时误差，获取所述第一反馈参数和所述第二反馈参数，以对所述并行信号进行定时同步恢复。本发明实施例提供的一种定时同步恢复方法及系统，通过预设的Gardner算法进行定时误差估计，并在频域进行定时调整，实现了在高速并行架构下的定时误差估计和定时调整。