本发明公开了一种生物酶缓释胶囊破胶剂及其制备方法。其中，该生物酶缓释胶囊破胶剂包括生物酶缓释剂和包覆在生物酶缓释剂形成的颗粒表面的囊衣，其中，生物酶缓释剂按重量份计，包括以下组分：生物酶溶液35～50份、明胶0.1份、甘油3.9-4.8份、EDTA 0.1份、葡萄糖酸钠30～50份和钠基膨润土10.9～15份；囊衣在制备时采用的囊衣溶液按重量份计，包括以下组分：明胶28～36份、PEG 400 2.8～9份、甘油17.6～19.9份和水41.5～43.2份。本发明的生物酶缓释胶囊破胶剂可供高温井压裂作业使用、压裂液破胶后残渣含量低的生物酶缓释胶囊破胶剂。