本发明提供一种从基因水平鉴定中国人群上皮细胞类体液斑迹组织来源的方法和系统，方法包括利用第一PCR扩增引物组对体液斑迹的DNA进行第一扩增，获得第一扩增PCR产物，所述第一PCR扩增引物组由与CYP2B7P1、MUC4、L.cri、HTN3、STATH、MUC7、LCE2B、DCD和CCL27九个基因一一对应的九对扩增引物组成；根据所述第一扩增PCR产物中的基因表达情况，判断所述体液斑迹是否含有阴道分泌物、唾液和皮肤中的至少一种。本发明提供的方案能有效从基因水平确定中国人群体液的组织来源，大大简化了鉴定刑侦现场体液或其斑迹的组织来源的步骤，能为明确案件性质以及定罪量刑等提供准确的科学依据。