本发明公开了一种基于连续性方差的智能变电站设备采样校验的方法和系统，该方法包括：根据设备类型加载相应的采样校验指标；对智能变电站前置SV采样信息、二次设备MMS报文输出采样信息进行同步数据采集并实时存储；将SV采样数据的瞬时值通过计算存储为有效值；通过连续性方差计算方法分别得出设备SV侧和MMS侧的采样数据的中心值与偏离指标；将二次设备SV侧和MMS侧的偏离指标的差值B与采样校验指标进行实时对比分析；生成校验报告且对外输出。本发明实现了设备采样的在线校验，减少了因设备采样校验而额外增加的停电时间与人工校验工作量，极大提高了检修工作中相关设备采样校验工作的全面性和准确性。