一种微网多重孤岛检测的控制方法及系统涉及微电网运行控制技术领域。其控制方法包括以下步骤：在微网系统中，每路储能PCS和光伏逆变器均配置有主动孤岛检测模块，一台PCS或者光伏逆变器仅会配置一种检测方式；储能PCS以及光伏逆变器通过快速通讯，将自身使用的主动孤岛检测方式以及标记信号上传到微网控制器；微网控制器汇总接收到的所有主动孤岛检测信号结合对微网系统的采样信号，进行实时的孤岛检测；微网控制器的检测结果与储能PCS、光伏逆变器的检测结果分别传送给智能并网柜；智能并网柜只需接收三者的并离网分合信号进行相应操作。本发明能够有效利用微网控制器汇总的信息，实现快速、准确的孤岛检测；智能并网柜的控制功能得以简化。