本发明提供了一种虫草花培育容器及培育方法，所述培育容器包括培养容器、容器盖一和容器盖二；所述容器盖二的高度大于容器盖一的高度。本发明提供的培育容器设计有两个容器盖，在不同的培育步骤中可以根据需求进行选择；其中容器盖一的高度小于容器盖二的高度，并通过容器盖二来满足种子的成长空间，因此种子在培育容器的填装量不受限制，即可以根据工业填装设备的能力填满培育容器，而在消毒和暗培育的过程中，可以最大化的提高锅炉空间及暗培育空间提用率，继而保证能源的利用率；暗培育完成后可以直接将容器盖一更换为容器盖二，由于更换过程均可以采用自动化作业，哪怕通过人工更换，相对于传统作业，其生产效率至少可提高2倍；由于容器盖二的壁面上设置有透气孔，可以省去现有技术中的人工打孔作业。