本发明属于涂料领域，公开了一种含硅的水性UV生物基不饱和聚酯及其制备方法。该方法包括以下步骤：将生物基二元醇和含羧基的二元醇混合形成澄清液体，向其中加入硅烷偶联剂、催化剂和阻聚剂，发生改性反应，改性反应结束后向其中加入生物基二元酸、催化剂、阻聚剂，发生光固化反应，光固化反应结束后的产物冷却至室温后，加入中和剂进行中和，然后与光引发剂混和，即得含硅的水性UV生物基不饱和聚酯。本发明通过改性，引入了Si‑O键，提高了耐候性、热降解温度以及硬度，且所得产物在3个月无明显变化，稳定性好，说明本发明提高了水性UV不饱和聚酯的综合性能。