本发明公开了一种基于48孔深孔板的酒酒球菌菌株高通量筛选方法，通过采集不同葡萄酒产区自然启动苹果酸-乳酸发酵的酒样，经ATB培养基分离纯化后，以建立的48孔深孔板乳酸显色反应体系进行初筛，再根据酒酒球菌菌种培养增殖特性设计的三种增殖培养基对初筛得到的菌株进行48孔深孔板增殖培养复筛，最后对复筛菌株进行菌种理化和分子生物学鉴定。本发明方法与传统酒酒球菌筛选方法相比，简单易行，有效降低了实验工作强度，在4-6个月内便可准确、快速的筛选出特定产区的葡萄酒苹果酸-乳酸发酵酒酒球菌，实现了酒酒球菌的高通量筛选。