本发明涉及一种修复大蒜重茬土壤的微生物菌剂及其制备方法与应用。本发明中的修复大蒜重茬土壤的微生物菌剂，组分如下，均为重量份：弗氏链霉菌XFS孢子混合物15～35份、蚯蚓肽-草炭土混合物15～25份、蚯蚓粪20～30份、硅藻土15～25份、谷糠12～20份、海藻酸钠5～12份、黄腐酸钾3～10份，微生物菌剂的有效活菌数为12-45亿/g，蚯蚓活性肽及氨基酸含量为2.5-5wt％，有机质含量为40-60wt％。该微生物菌剂可用于修复大蒜重茬土壤，此外还可应用于蔬菜、茄果、瓜类、果树等作物，施用方法采用基肥或追肥的方式，也可与有机肥、复合肥、有机无机复混肥复配使用，每亩施用量10～100Kg。