本发明涉及一种跨坐式单轨边跨墩墩缝模板结构,包括形状和结构相同的第一墩身钢模和第二墩身钢模，二者的一个侧面开口并相对设置，其特征是：一块呈矩形的第一墩缝钢板，其边缘与所述第一墩身钢模侧面开口边缘连接；一块呈矩形的第二墩缝钢板，其边缘与所述第二墩身钢模侧面开口边缘连接；多根墩缝间隔棒，平行且等距离设在所述第一墩缝钢板与第二墩缝钢板之间，所述墩缝间隔棒的直径加上所述第一墩缝钢板的厚度，再加上第二墩缝钢板的厚度之和等于墩缝的宽度。本发明还提供一种跨坐式单轨边跨墩墩缝模板结构的施工方法。本发明能够可靠的控制墩缝的线型，确保墩缝线型质量，不仅安装拆卸简便，而且能够周转使用，降低施工成本。