本申请提供一种直流配电系统及其对地绝缘故障检测方法。所述直流配电系统包括主配电柜、N个下级配电设备、主控制器以及多个子控制器。每个下级配电设备包括多条线路。所述主控制器设置于所述主配电柜。每个下级配电设备中设置一个子控制器。所述多个子控制器与所述主控制器通信连接。当第M个下级配电设备开始进行自检工作时，第M个子控制器发送交流激励信号。所述交流激励信号为扫频信号。当所述交流激励信号为低频时可以降低检测过程中线路或设备对地电容的影响。当所述交流激励信号为高频率时，由于线路电感对交流信号的阻隔作用，可以更精准的检测本地线路或设备对地绝缘故障，减小其他位置对地绝缘阻抗的影响。