本发明提供了一种狭窄河槽内深厚覆盖层上高面板堆石坝防渗体设计方法，包括如下步骤：1)对狭窄河槽中深厚覆盖层进行局部开挖，在狭窄河槽位置布置重力式拱坝，利用河槽两端基岩分担作用在拱坝上的荷载；2)在重力式拱坝顶部平台铺设与平台等宽的趾板，并将所述趾板与高面板堆石坝上部面板通过连接缝连接，并设置两道止水；3)采用胶凝砂砾石对开挖河槽重力式拱坝上游侧进行回填，以保证重力式拱坝在坝体填筑期的稳定性和安全性。本发明能够提高防渗体抵御变形的能力，适用于狭窄河槽中深厚覆盖层较大变形引起的不规则面板和趾板拉压破坏和连接缝破坏的面板堆石坝工程。