本发明涉及卫星供配电系统技术领域的卫星电源控制器热耗的在线测量方法，步骤1，为太阳电池模拟阵供电提供全链路的闭环回流；步骤2，太阳电池模拟阵与测试长电缆、脱插电缆、卫星供电电缆互连；步骤3，算得模拟阵输出总功率；步骤4，设置好卫星总装状态；步骤5，获得模拟阵输出功率；步骤6，获得整星负载功耗；步骤7，依据卫星遥测数据，获得蓄电池功耗；步骤8，依据步骤3的链路损耗标定，获得链路损耗，获得电源控制器的热耗；步骤9，绘制热耗变化曲线，辅助电源控制器内部工作状态的健康判断。本发明能够实时在线测量电源控制器热耗，准确在线测定电源控制器的热耗，辅助电源控制器的健康状态判断与整星热控设计。