本发明公开了一种丙二酸盐克罗诺杆菌CRISPR分型方法。本方法通过对丙二酸盐克罗诺杆菌的四种CRISPR分子进行DNA测序，提取序列中的间隔序列，根据几者的间隔序列组合确定丙二酸盐克罗诺杆菌的CRISPR型别。本发明方法简单、快速、低成本、分辨率高于MLST分型方法，无环境污染，对实验室设备要求低，且CRISPR分子保存有历史侵染的噬菌体及质粒等诸多信息，可联合数据库实现全国甚至全球标准化分子溯源，适合推广至食品、检验检疫等领域。