本发明涉及一种HBase二级索引自适应优化方法和系统。该方法的步骤包括：1)将客户端对HBase的变更操作通过观察者协处理器组件同步映射到分布式搜索引擎ES的索引中，并由ES维护HBase中数据对应的倒排索引，作为HBase的二级索引；2)对所述二级索引进行增量更新，包括增量更新本地索引、增量更新全局索引、增量更新ES索引；3)将跨表、跨库更新HBase索引表和ES索引表的索引更新请求同步到所述二级索引；4)接收客户端发出的数据查询请求，通过本地索引、全局索引和ES索引获得查询结果，并返回给客户端。本发明支持单列索引、联合索引、全文索引等多种索引模式，能够极大地提高检索效率。