本发明提供了一种分区实时操作系统的分区配置方法，首先在Manifest文件中规定分区配置信息、交叉工具链的版本信息和编译链接参数，然后设计代码自动生成器，使得源代码和链接脚本自动生成，并对代码生成器进行形式化验证，在进行程序编译时，通过获取Manifest文件中规定的交叉工具链编译器和链接器的版本信息，对编译器和链接器的版本进行验证，然后根据Manifest中的编译链接参数进行程序的编译和链接。本发明消除了因编译器和链接器版本不同造成编译链接结果不正确的可能性，简化了程序开发过程，同时也保证了源代码和链接脚本的可靠性，消除了因手动编写源代码和链接脚本而引入错误的可能性。