本发明涉及一种水基钻井液用纳米封堵剂及其制备方法与钻井液。该水基钻井液用纳米封堵剂是聚苯乙烯磺酸钠共价包覆多壁碳纳米管，其中，所述多壁碳纳米管管径为20～30nm，管长为10～30μm；所述接枝的聚苯乙烯磺酸钠的数均分子量为75kDa，聚合度(DOP)为900；所述钻井液含有100重量份的水，膨润土为1‑8重量份，流型调节剂为4‑10重量份，增粘剂为0.2‑1.2重量份，降滤失剂为4‑10重量份，封堵剂为30‑60重量份，加重剂为10‑50重量份，润滑剂为0.1‑4重量份，pH调节剂的含量为0.1‑0.4重量份。本发明采用聚苯乙烯磺酸钠改性多壁碳纳米管作为封堵剂，能够有效封堵泥页岩井壁的微、纳米尺寸孔隙，特别适用于低空低渗、微孔微裂缝发育以及毛细管效应突出的地层钻井施工。