本发明公开了适用于暂态录波型故障指示器的波形同步校正方法及其系统，方法包括获取采集单元的三相电流录波波形；对a相电流波形的最后f/50*2个采样点进行模态分析；读取a相电流波形的触发录波时刻，向前取f/50个采样点，对应时刻t1，t1下一个采样点对应时刻为t2，以此类推，则由tg向后取f/50个采样点；进行模态分析获得误差能量△E1、△E2……△Eg，取其中最小值对应的时间窗起始时刻点tfa；依次完成b、c相分析，得到三相的故障起始时刻点，取其中最小值；将三相电流分别向左平移，得到三相同步录波波形。本发明对暂态录波型故障指示器的录波波形进行校正，保证用于主站分析的录波波形具有高准确性。