本发明提供了一种制取低凝点生物柴油的双功能催化剂及其制备法与应用，所述的双功能催化剂以多级孔纳米SAPO‑31分子筛为载体，以Pd‑Ni2P为双金属活性组分，以所述载体重量为100％计，所述活性组分的含量为0.05～5.05wt％；制取低凝点生物柴油的方法为以植物油加氢脱氧油为原料，加入上述的双功能催化剂，在反应器中进行连续反应，反应温度为250～370℃，反应压力为1.0～4.0MPa，所述植物油加氢脱氧油的质量空速为1.0～4.0h‑1，氢气与植物油加氢脱氧油的体积比为300～800:1。本发明催化剂是在多级孔纳米SAPO‑31分子筛上担载Pd‑Ni2P双金属制备的双功能催化剂，具有贵金属Pd用量少、反应活性和异构化选择性高、稳定性好，生物柴油的收率高等优点。