本发明属于多晶硅生产技术领域，尤其涉及一种多晶硅硅芯焊接系统及其使用方法。一种多晶硅硅芯焊接系统，所述的系统包括带有漏斗颈(3)的漏斗(1)、加热线圈(2)、气体喷嘴(7)和若干夹持器(8)；加热线圈(2)设置于漏斗(1)下部外围；气体喷嘴(7)设置于漏斗颈(3)下方；夹持器(8)设置于漏斗(1)和气体喷嘴(7)之间，夹持器(8)分别与传动机构相连，夹持器(8)可沿轴向和径向运动；所述的焊接系统置于洁净环境。本发明的优点：结构简单，易于实现；硅芯焊接可靠、效率高；焊接的硅芯无污染、平直；焊接头平整；断裂或/和长度不够的硅芯重新利用，提高了切割收率，降低生产成本。