本发明涉及一种混合能源系统中电能存储设备的充放电控制方法及装置，方法包括：选取混合能源系统中电能存储设备的控制周期，并获取控制周期内混合能源系统中热电联产设备的电能缺额；根据控制周期内混合能源系统中热电联产设备的电能缺额确定混合能源系统中电能存储设备各电池组的充放电时间；利用混合能源系统中电能存储设备各电池组的充放电时间对混合能源系统中电能存储设备各电池组进行充放电；其中，混合能源系统中电能存储设备包括两个电池组。本发明提出双电池组电能存储方法，双电池组存储的电能分别提供控制周期峰值期间的电负荷，用以提高电池组的寿命，减少系统对电网的依赖，降低系统的运行成本，提高能源使用效率，减少废气排放量。