本发明公开了一种电力市场初期基数偏差电量结算处理方法，包括计算各机组的偏差电量，确定超发机组的超发电量和欠发机组的欠发电量；根据超发机组申报的电量出售价格和欠发机组申报的电量购买价格，确定偏差电量交易对；计算所有偏差电量交易对的平均差价；根据平均差价，对交易偏差电量进行结算。同时也公开了相应的系统。本发明兼顾了机组个体的主动性与系统整体的均衡性，保证系统内机组利益分配的均衡性，保障基数电量均衡执行机制在电力市场初期的良性运转。