本发明公开了一种两回直流输电系统主控系统及配置方法。两回直流的送端或受端在同一换流站，由于分期建设、隶属于不同的业主等原因，两回直流独立设计和运行；由于两回直流共用同一交流母线，在有功和无功等方面需要协调控制。本发明提出一种两回直流主控系统，所述主控系统包括稳控主机和协控主机两部分，所述稳控主机和协控主机相互独立，分别与两回直流的控制系统进行信号交互，稳控主机中设置两回直流有功协调控制模块和系统安全稳定控制模块，协控主机中设置两回直流无功协调控制模块和附加控制协调控制模块。通过合理的主机设置和功能分配，可在两回直流的送端或受端在同一换流站时，实现两回直流的协调控制。