本发明公开了一种海洋工程混凝土结构涂装防护用渗透型防护剂。所述防护剂按重量百分比计，包括：氟硅氧烷单体15％～35％；硅氧烷单体25％～45％；酸性催化剂0.2％～0.7％；醇15％～25％；乳化剂1％～5％；水10％～20％。该海洋工程混凝土结构涂装防护用渗透型防护剂具有优异渗透性能、耐久性能，可以延长混凝土结构的使用寿命，特别适用于海洋工程混凝土结构的涂装防护。本发明还公开了一种上述海洋工程混凝土结构涂装防护用渗透型防护剂的制备方法。