本发明提供了一种航天器总装管理系统，包括：分系统管理模块、操作管理模块、工艺流程管理模块和总装状态管理模块；所述分系统管理模块包括航天器总装中涉及的各分系统信息；所述操作管理模块包括航天器总装中涉及的操作项；所述操作管理模块与所述分系统管理模块相关联，从而确定各操作项与分系统的对应关系；所述工艺流程管理模块与所述操作管理模块相关联，以建立标准化工艺流程；所述总装状态控制模块根据所需执行的航天器总装任务，选取所述工艺流程管理模块中相应的标准化工艺流程，建立总装状态管理任务，所述总装状态管理任务对航天器总装的全过程进行监控和管理。