本发明涉及苏云金芽胞杆菌杀虫基因cry79Aa1、表达蛋白及其应用，属于生物防治技术领域。从苏云金芽胞杆菌LTS290(其保藏编号为：CGMCC No.10232)分离得到的杀虫蛋白Cry79Aa，具有如SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列，及编码该杀虫蛋白的基因，优选所述基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。上述基因对鳞翅目害虫具有一定的毒杀力，以应用于转化微生物和植物，使之表现出对相关害虫的毒性，并克服、延缓害虫对工程菌和转基因植物的抗药性产生。