本发明公开了一种清水池吸水井系统及使用方法，包括加氯接触池、清水池、主吸水井、辅吸水井、防倒流装置、调流阀、水泵吸水管；加氯接触池通过设置的高堰与清水池连通，加氯接触池通过设置的低堰一与主吸水井连通，出水井与主吸水井通过管道连通并通过调流阀调节流量，主吸水井通过低堰二与辅吸水井连通，高堰、低堰一、低堰二依次由高向低设置，清水池通过防倒流装置与辅吸水井连通为辅吸水井供水，主吸水井、辅吸水井分别外接多个水泵吸水管为城市供水。本发明提供的清水池吸水井系统及使用方法节约能耗，提高加氯消毒效果，在不设置真空泵的条件下实现高水位自灌启动，方便运行管理，降低工程造价、改善泵房通风条件、人员巡视更方便。