本发明公开了一种应对大规模新能源机组低电压穿越的紧急控制方法及其系统，方法为接收低电压穿越信息；计算不同新能源场站发生低电压穿越对电网稳定特性影响的灵敏度，将影响灵敏度相同的新能源场站的低电压穿越信息子站接入同一新能源区域低电压穿越信息汇集站；获取监视的电网关键节点母线电压及关键输电断面线路功率，并获取电网内各类控制资源的可用信息；从预设的控制策略表匹配相应的紧急控制措施，发送给低电压穿越紧急控制子站；向低电压穿越紧急控制执行站发送紧急控制命令，完成紧急控制。本发明有效降低大规模新能源机组进入低电压穿越状态电网安全稳定运行风险，有利于提高新能源高占比电网的安全稳定运行水平。