本发明涉及LNG船用聚氨酯绝缘箱的箱体装配系统及方法，装配系统包括底座以及分别设置在底座上的X向定位校正机构、Y向定位校正机构、木质夹板校正机构；装配时，利用X向定位校正机构、Y向定位校正机构对聚氨酯绝缘箱的X向、Y向进行定位校正，利用木质夹板校正机构对木质夹板进行压紧。与现有技术相比，本发明能够对多种模式的NO.96 L03/L03+系列的增强型聚氨酯标准绝缘箱的箱体装配精度进行控制，满足不同生产条件下的装配精度要求，操作简便，产品质量一致性好。