本发明公开了一种水性环保防水涂料及其制备方法，该涂料通过二元酸钠连接改性牻牛儿醇和改性肉桂醛，再与水性环氧树脂复合而成，具体包括以下步骤：（1）对牻牛儿醇进行改性，得改性牻牛儿醇；对肉桂醛进行改性，得改性肉桂醛；（3）将改性牻牛儿醇、改性肉桂醛通过二元酸钠连接，得新型疏水物质GC；（4）将新型疏水物质GC和水性环氧树脂连接，得水性环保防水涂料。本发明制备出的环保防水涂料，具有良好的涂层力学性能、降低了水性环氧树脂基体的吸水率，并具有一定抗菌能力。