本发明公开了一种测试特高压变电站二次系统骚扰电压的方法及装置，属于电力系统变电站电磁兼容领域。本发明方法包括：电流注入点连接冲击电流发生器的正端，电流回流点连接冲击电流发生器的负端；冲击电流发生器经调波电阻、电感后向电流注入点注入电流，测量冲击电流波形；控制终端控制GPS卫星信号接收机与采集卡触发通道相连，对各个测试点的同步触发并采集测试信息；确定一次测量的测试回流点的位置为最优回流点；使用高压探头测量二次电缆分断处骚扰电压；高压探头测量的骚扰电压经采集卡及光电转换装置通过光纤传输至控制终端，所述控制终端读取骚扰电压。本发明减少了测试时布置引线的工作量，并且能够提高冲击发生器的输出幅值。