本发明公开了一种莨菪烷类生物碱的提取工艺，它是从藏药山莨菪中，将山莨菪的根，经过破碎、浸提后，所得的提取液，经过陶瓷膜过滤，去除植物蛋白、胶体、悬浮物等杂质，得到陶瓷膜清液，再将经过超滤膜去除小分子蛋白和色素等杂质，得到超滤膜清液膜清液，再经过大孔吸附树脂，吸附山莨菪后，经乙醇解析，得到大孔吸附树脂解吸液，再经过纳滤膜浓缩，得到含莨菪烷类生物碱的纳滤膜浓缩液，用于下一步蒸发、结晶。本发明解决了莨菪烷类生物碱在提取过程中悬浮物、胶体、蛋白质等杂质，在后续大孔吸附树脂易污染的技术问题。与现有技术相比较，本发明设备工艺简单，且自动化程度高，控制过程简单，提高了生产效率和产品回收率。