本发明提出了一种地表与地质钻孔高程一致性建模的系统，包括：测绘阶段信息处理模块、地质勘探阶段信息处理模块、三维地表模型建模模块、影像对比模块、钻孔数据修正模块、地表模型水平投影模块、栅格剖分模块、点集过滤模块、地表高程计算模块、钻孔高程差计算模块和等效点高程差值迭代计算模块；测绘阶段信息处理模块获取地表高程数据、现场地表影像及对应的时间信息；地质勘探阶段信息处理模块获取地质钻孔数据、现场地表影像及对应的时间信息。本发明采取分类流程及算法来实现地表与地质钻孔高程一致性建模，解决地质调查或地质三维建模中常出现测绘地表模型与地质勘探钻孔高程不一致问题。