本发明公开了一种具有故障隔离功能的串联变流模块及电力电子变压器，串联变流模块包括输入端口和输出端口，串联变流模块配置为将低频交流输入转换为高频交流输出；输入端口为低频交流侧，输出端口为高频交流侧；输入端口并联第一开关，输出端口并联第二开关；若所述串联变流模块正常工作时，控制第一开关和第二开关处于断开状态；若所述串联变流模块检测到自身故障时，控制所述第一开关和所述第二开关处于导通状态，隔离故障。本发明在串联变流模块检测到自身故障时，将输入端口和输出端口的并联开关导通，使其输入端口和输出端口为短路或旁路状态，以此来隔离串联变流模块的故障，避免故障的进一步扩大或避免由于串联变流模块的故障造影响其他模块电路的工作。