本发明提供了一种文件合并方法和系统，涉及Hbase中的文件合并技术领域，方法应用于Hbase数据库子集中的多个HFile合并过程，包括:每隔预设时间，获取多个待合并子集；根据待合并子集的重要程度，对多个待合并子集进行优先级排序；从优先级队列中，提取预设个数的优先合并子集；分别对优先合并子集中的多个HFile进行合并。解决了在Hbase数据库运行繁忙时过多的合并操作占用数据库的使用空间的问题，同时，限时限量的操作，能够使Hbase数据库的HFile合并操作，过程可控，时间可控，增强了Hbase系统的可操作性。的技术效果。