本发明公开了一种互感器计量误差在线检测方法及系统，所述方法包括：在互感器的二次侧回路注入异频测试信号；采集二次侧异频电压以及异频电流，根据所述二次侧异频电压以及异频电流，计算获得互感器等效电阻；将所述互感器等效电阻输入至预先训练的BP神经网络模型，获得互感器误差；所述BP神经网络模型根据互感器等效电阻历史数据和对应的互感器误差历史数据预先训练获得；所述方法及系统具有计算简单、精度高的优点，不受环境干扰的影响，无需进行互感器一次侧测量，无需复杂设备，解决了在线测量互感器误差的设备困难、校验困难的问题；所述方法及系统可以对互感器动态变化的误差进行实时检测，解决了现有误差检测方法实时性不高的缺点。