本发明涉及油田解堵技术领域，尤其是一种生物酶复合酸深部解堵工艺。该种生物酶复合酸深部解堵工艺，包括如下步骤：(1)向油井中注入生物酶解堵剂；(2)向油井中注入复合酸；(3)向油井中注顶替液；(4)关井反应。本发明的一种生物酶复合酸深部解堵工艺，根据现场实际情况调整复合酸配方及用量，有效降解了包裹在无机杂质外的聚合物大分子，使得包裹其中的无机杂质充分暴露出来，有利于随后酸化工序对无机杂质进行充分的溶蚀，从而达到有限、彻底解除油水井地层堵塞，恢复地层渗透率，使油田正常恢复产能。