本发明公开一种仿鸽子智能的无人机自主导航系统及方法，该系统具体包括仿鸽子地磁导航定向模块、仿鸽子智能行为‑认知的主动视觉目标感知模块、仿鸽子地貌参考导航的自然场景运动估计模块、仿鸽子即时归巢机制的拼接地图快速导航模块；本发明的系统和方法，模拟鸽子的归巢过程中涌现出的智能导航机制，可以实现基于地磁场导航定向，尺度、旋转不变的目标识别，基于自然场景的运动估计和基于特殊地标的拼接地图快速导航。将所述方法集成为一个自主导航系统，充分模拟了鸽子导航行为机制，并可以实现无人机自主导航，具备不依赖卫星导航系统、高性能、高自主、抗干扰等优势。