本发明涉及氟化工技术领域，具体涉及到一种全氟聚醚不稳定端基的氟化工艺，包括如下步骤：步骤1：将鼓泡塔氟化反应器抽真空后将全氟聚醚酰氟和/或全氟聚醚羧酸原料从鼓泡塔氟化反应器上端加入反应器中；然后将鼓泡塔氟化反应器加热至130～170℃；步骤2：调节鼓泡塔氟化反应器内压力；步骤3：通入氟化剂气体，反应45～90min，然后升温至设定反应温度；步骤4：反应4～48小时后，反应结束，停止原料的通入，进行氮气吹扫，并将物料温度降至40℃以下，出料即得。本发明采用鼓泡塔式反应器，利用氟气对全氟聚醚酰氟和/或全氟聚醚羧酸进行端基氟化处理，极大提高了氟气的利用效率，取得了理想的效果。