本发明提供了一种微藻快速筛选装置及微藻快速筛选方法，解决传统筛选不能实现藻株与外界气质交换且效率低的问题，该装置包括培养缸、浮力装置、孔板和藻液培养管；培养缸设有玻璃盖，玻璃盖上方设置进气口和出气口，浮力装置设置于孔板下方，孔板上设置至少1个微藻培养孔，微藻培养孔用于放置藻液培养管，藻液培养管底部设有微孔；微藻快速筛选方法包括：将培养缸中添加培养液；采用橡皮套圈将藻液培养管固定在微藻培养孔内；将藻菌落接入藻液培养管中进行培养，将目的藻株通过酶标仪检测筛选出来。本发明能够实现藻株与外界的气质交换，并可以确保生长环境的稳定性，提高培养效率。