本发明实施例提供了一种河流设计最低通航水位的确定方法和装置，其中,方法包括：确定河流的目标断面在预设历史时期内的非一致性水位参数序列，其中，所述非一致性水位参数序列包括所述预设历史时期中每一单位时间段内与预设保证率对应的水位参数值；根据目标非平稳皮尔逊III型分布函数，确定所述目标断面在现状期内与预设重现期对应的设计最低通航水位，其中，所述目标非平稳皮尔逊III型分布函数包括：时变参数，且所述时变参数根据所述非一致性水位参数序列确定。本发明实施例可以提升确定出的设计最低通航水位的准确性。