本发明公开了一种低渗透天然气藏产量的预测方法及系统，方法包括：基于天然气藏含井网格压力和生产井井底压力之差判断生产井附近的流动状态，根据不同流动状态下的渗流规律，求解等效半径与井壁半径之间的饱和度和压力分布，将饱和度分布代入低渗透天然气藏产量预测公式，计算得到水相产量和气相产量。本发明在分析低渗透天然气藏生产井附近气水两相流动规律的基础上，建立了考虑毛管力末端效应的低渗透天然气藏产量预测方法，与传统方法相比，本方法根据径向两相流的流动特征，刻画了生产井附近的饱和度和压力的剧烈变化的特点，能够准确快速地计算生产井的气水产量。