本公开实施例提供了一种恶意软件同源性分析方法、系统、电子设备及存储介质。其中，该方法包括：获取恶意软件的样本的数据集；从样本的数据集中提取反汇编代码文本以及带属性的控制流程图；基于反汇编代码文本以及带属性的控制流程图，构建深度神经网络模型；通过深度神经网络模型，识别恶意软件的同源性。通过该技术方案，解决了如何提高恶意软件相似性分析的准确性的技术问题，可以识别新的、未知的恶意软件的同源性，挖掘其背后的组织信息，从而可以快速地定位攻击来源或攻击者，以便于可采取更快速、更准确的防治方法，进而可以帮助安全专家构建完整的攻击场景，而且可以跟踪攻击者。