本发明提供了一种荧光标记水稻种子分选机构及方法，包括落料机构(1)、仿形定位机构(2)、运输机构(3)、检测装置(4)、喷射机构(5)、收集通道(6)、光源(7)以及框架(8)，框架(8)包括支撑架(81)、上定位板(82)、中定位板(83)以及侧定位板(84)，检测装置(4)、喷射机构(5)在运输机构(3)上分别设置有检测工位、喷射工位，收集通道(6)对准喷射工位，光源(7)对准检测工位。本发明结构简单紧凑，使用方便，能够稳定、均匀、有序、有向地进行种子的上料及运输，且检测区域较宽，可以进行多次检测，极大地提高了种子分选的精度。