本申请公开了一种程序编译方法、装置及系统，方法包括：获得待编译的程序代码，所述程序代码中包括至少一个存根函数的调用地址；获得所述程序代码的编辑脚本，所述编辑脚本与所述存根函数的调用地址相关；利用所述编辑脚本和所述存根函数的调用地址，重构出所述程序代码中被所述存根函数的调用地址替换的目标函数的调用地址；基于所述目标函数的调用地址，对所述程序代码进行编译，得到所述程序代码的可执行文件。可见，本申请中，即使可执行文件被反汇编，也会由于其反汇编出的程序代码中存在存根函数而不会被外界解读出程序代码的内容，从而达到保护程序代码的目的，由此提高程序代码的安全性。